lunes, 30 de julio de 2012



Researchers dig through the gene bank to uncover the roots of the evolutionary tree

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searchers dig through the gene bank to uncover the roots of the evolutionary tree

Ever since Darwin first published The Origin of the Species, scientists have been striving to identify a last universal common ancestor of all living species. Paleontological, biochemical, and genomic studies have produced conflicting versions of the evolutionary tree. Now a team of researchers, led by a professor at the State University of New York at Buffalo and including area high school students, has developed a novel method to search the vast archives of known gene sequences to identify and compare similar proteins across the many kingdoms of life. Using the comparisons to quantify the evolutionary closeness of different species, the researchers have identified Actinobacteria, a group of single membrane bacteria that include common soil and water life forms, as the base of the evolutionary tree. They will present their findings at the annual meeting of the American Crystallographic Association (ACA), held July 28 – Aug. 1 in Boston, Mass.
"Today the gene banks are enormous. They contain more than 600,000 genes from the genomes of more than 6,000 species," says William Duax, a physical chemist and lead researcher on the team. However, many of the gene sequences, and the proteins they encode, are not systematically identified. Proteins that are structurally similar and perform the same function could be labeled with different numbers that obscure the fact that they belong to the same protein family. "Our first challenge is to make sure that we are comparing apples to apples and oranges to oranges," says Duax.
Duax and his team have developed efficient ways to search through the gene banks looking for all copies of the same family of protein. They concentrated their efforts on proteins that are found on the surface of cell components called ribosomes. The ribosomal proteins are among the most accurately identified proteins, and because they are not transferred between individuals independent of reproduction, are good candidates for tracing the evolution of all species.
Ribosomal proteins in the same family twist into the same shape. The sequence of amino acids in a protein determines what 3D structure it folds into and Duax and his colleagues identified patterns that marked specific types of turns. They used these marker sequences to identify and almost perfectly align the proteins, similar to the way you could use five points to identify the shape of a star and align its orientation to match other star shapes.
Structurally aligning the proteins allowed the researchers to easily spot small differences that indicate organisms belong on different branches of the evolutionary tree. For example, a single amino acid difference in one ribosomal protein separates bacteria with one cell membrane from those with two.
At the ACA meeting, the researchers will present the results from the analysis of two different ribosomal protein families, called S19 and S13. Duax will present the analysis of protein S19, while high school student Alexander Merriman will present analysis of protein S13. Merriman joined Duax's lab through a scientific mentorship program designed to give teenagers hands-on experience with cutting-edge research. "They are enthusiastic researchers and do great work," Duax says of the students he welcomes into his lab each Friday.
Both analyses point to Actinobacteria as the last universal common ancestor. This agrees with previous work done by the group on proteins named S9 and S12.
The researchers will continue to search for more evidence to add to their developing picture of the evolutionary tree. The group plans to analyze additional proteins, as well as DNA and RNA. "We are applying a systematic approach to make sense of a sometimes messy gene bank," says Duax. 
Source : American Institute of Physics and reproduced from Biology News Net

domingo, 29 de julio de 2012


¿Son unas células del cerebro las que nos dan la conciencia?



Referencia: NewScientist.com ,
Autora: Caroline Williams, 23 de julio 2012

Los criaturas más inteligentes comparten un secreto, un extraño tipo de célula cerebral involucrada en las emociones y la empatía, que posiblemente sean las responsables de que seamos conscientes.

El origen de la conciencia viene a ser uno de los más grandes misterios de todos los tiempos, y ha ocupado a filósofos y científicos durante generaciones. Por lo tanto, es extraño pensar que un neurocientífico tan poco conocido llamadoConstantin von Economo pudo haber descubierto una pista importante desde hace casi 90 años.

Cuando miró a través de la lente de su microscopio en 1926, von Economo vio un puñado de células cerebrales largas, delgadas y mucho más grandes que las demás que las rodeaban. De hecho, parecía tan fuera de lugar que al principio pensó que eran un signo de algún tipo de enfermedad. Sin embargo, conforme miraba en más cerebros, más encontraba estas peculiares células, y siempre en las dos mismas pequeñas áreas que han evolucionado para procesar los olores y los sabores.

Von Economo reflexionó brevemente sobre lo que podrían estar haciendo estas "células de varilla y espirales", como él las llamaba, pero sin la tecnología necesaria para profundizar mucho más pronto trasladó su atención a líneas más prometedoras de investigación.

Poco más se dijo sobre estas neuronas hasta casi 80 años más tarde, cuando Esther Nimchinsky yPatrick Hof en la Universidad del Monte Sinaí en Nueva York, también tropezaron con estas agrupaciones de neuronas de extraño aspecto. Ahora, después de más de una década de neuroimagen funcional y estudios post-mortem, estamos empezando a reconstruir su historia. Ciertas líneas evidencian que pueden ayudar a construir la rica vida interior que llamamos conciencia, incluyendo las emociones, nuestro sentido del yo, la empatía y nuestra capacidad para navegar por las relaciones sociales.

Muchos otros animales sociales de grandes cerebros también parecen compartir estas células, en los mismos sitios que en el cerebro humano. Por tanto, una mayor comprensión de la forma en que estos caminos convergen, podría decirnos mucho sobre la evolución de la mente.

Es cierto que, para el ojo inexperto, estas células cerebrales gigantes, conocidas ahora como neuronas von Economo (VEN), no parecen particularmente emocionantes. Sin embargo, para un neurocientífico destacan de gran manera. Por un lado, las VEN son cuando menos el 50 por ciento más grandes que las típicas neuronas humanas, y en ocasiones hasta el 200 por ciento. Y mientras que la mayoría de las neuronas tienen un cuerpo en forma de pirámide, con un árbol delicadamente ramificado de conexiones llamadas dendritas en cada extremo de la célula, las VEN tienen un cuerpo más largo y delgado con una única proyección en cada extremo y muy poco ramificado (ver diagrama). Tal vez se han escapado durante tanto tiempo de la atención debido a que son tan raras, ya que representan sólo el 1 por ciento de las neuronas en dos pequeñas áreas del cerebro humano: la corteza cingulada anterior (ACC) y la corteza fronto-insular (FI) .

Su ubicación en estas regiones sugiere que las VEN pueden ser una parte central de nuestra maquinaria mental, ya que la ACC y la FI están fuertemente involucradas en muchos de los aspectos más avanzados de nuestra vida interior. Ambas zonas entran en acción cuando vemos señales de relevancia social, ya sea un ceño fruncido, una mueca de dolor o, simplemente, la voz de alguien a quien amamos. Cuando una madre escucha el llanto de su bebé, ambas regiones responden intensamente. También se iluminan cuando experimentamos emociones como el amor, la lujuria, la ira y la aflicción. Para John Allman, neuroanatomista en el Institute of Technology en Pasadena, California, esto equivale a una especie de "red de vigilancia social" que realiza un seguimiento de las señales sociales y nos permite modificar nuestro comportamiento de acuerdo con ellas (Annals of the New York Academy of Sciences, vol 1225, p 59).

Las dos áreas del cerebro también parecen jugar un papel clave en esta "prominente" red, la cual se encarga subconscientemente de lo que está pasando alrededor de nosotros y dirige nuestra atención a los acontecimientos más urgentes, así como a vigilar las sensaciones del cuerpo para detectar cualquier tipo de cambio (Brain Structure and Function, DOI: 10.1007/s00429-012-0382-9).

Es más, ambas regiones se activan cuando una persona reconoce su reflejo en el espejo, lo que sugiere que en estas áreas cerebrales subyace nuestro sentido del yo, el componente clave de la conciencia. "Es el sentido de uno mismo en todos los niveles posibles, el sentido de identidad, de lo que trata de mí y de los demás, y de cómo entender a los demás. Algo que se corresponde con el concepto de la empatía y la teoría de la mente", decía Hof .

Para Bud Craig, un neuroanatomista del Instituto Neurológico Barrow en Phoenix, Arizona, todo se reduce a un sentido permanentemente actualizado de "cómo me siento ahora": la ACC y la FI reciben las señales del cuerpo y las relacionan con las señas sociales, pensamientos y emociones que alteran de forma rápida y eficiente nuestro comportamiento (Nature Reviews Neuroscience, vol 10, p 59).

Este panorama constantemente cambiante de cómo nos sentimos puede contribuir a la forma en que percibimos el paso del tiempo. Cuando algo importante está pasando emocionalmente, propone Craig, existe más información para procesar, y debido a esto, el tiempo parece acelerarse. Por el contrario, cuando hay menos información de lo que está pasando, actualizamos con menos frecuencia nuestra visión del mundo, por lo que el tiempo parece transcurrir más lentamente.

Las VEN son, probablemente, muy importantes en todo este proceso, a pesar de que sólo podemos inferir su función a través de pruebas circunstanciales. Y esto se debe a que la localización de estas células y la medición de su actividad en un cerebro vivo aún no ha sido posible. Pero su apariencia tan inusual es una pista de que, probablemente, no están ahí sin hacer nada. "Destacan anatómicamente", apunta Allman, "Una proposición general sería que, cualquier cosa de apariencia tan distintiva debe tener una función distinta."

Pensamiento rápido

En el cerebro, más grande significa en general más rápido, así pues, Allman sugiere que las VEN podrían estar actuando como un sistema de transmisión rápida, una especie de autopista social, permitiendo a lo esencial de la situación poder moverse rápidamente a través del cerebro, haciéndonos posible reaccionar intuitivamente en el acto, una habilidad de supervivencia crucial en una especie tan social como la nuestra. "Eso es en lo que se basa toda civilización que se precie: nuestra capacidad para comunicarnos socialmente de manera eficiente", añade Craig.

Una forma particularmente preocupante de la demencia, que puede afectar a la gente a partir de los 30 años, apoya esta idea. Las gente que desarrolla demencia fronto-temporal pierde pierde un gran número de VEN de la ACC y la FI desde principios de la enfermedad, siendo el principal síntoma la pérdida completa de conciencia social, empatía y autocontrol. "Ellos no tienen las normales respuestas empáticas a situaciones que normalmente disgustan o entristecen", explica Hof. "Le puedes mostrar imágenes horribles de un accidente y ni tan siquiera parpadean. Ellos dicen “Ah, sí, es un accidente”.

Los exámenes post-mortem de los cerebros de personas con autismo también refuerzan la idea de que las VEN están en el centro de nuestras emociones y la empatía. Según un reciente estudio, las personas con autismo pueden clasificarse en dos grupos: algunos tienen muy pocas VEN, lo que puede significar que no tienen el cableado necesario para procesar las señales sociales, mientras que otros tienen demasiadas (Acta Neuropathologica, vol 118, p 673). Este último grupo parece encajar con la reciente teoría del autismo, que propone que los síntomas puede surgir de un cableado excesivo del cerebro. Tal vez tener demasiadas VEN hace que se activen los sistemas emocionales con demasiada intensidad, causando que las personas con autismo puedan sentirse abrumadas, como muchos dicen que les  pasa.

Otro estudio reciente, descubrió que las personas con esquizofrenia que se suicidaban, tenían un número significativamente mayor de VEN en la ACC que los esquizofrénicos que murieron por otras causas. Los investigadores sugieren que una sobre-abundancia de VEN podría crear un sistema de hiperactividad emocional que los incline a la autoevaluación negativa y a sentimientos de culpa y desesperanza (PLoS One, Vol. 6, p e20936).

Las VEN en otros animales también proporcionan algunas pistas. Cuando estas neuronas fueron identificadas por primera vez, hubo un rayo de esperanza de que podríamos haber encontrado uno de los principales cambios evolutivos, únicos para la humanidad, y que podrían explicar nuestra inteligencia social. Sin embargo, los primeros estudios que pusieron atención a este tipo de ideas, no siguieron cuando vieron que las VEN aparecieron en los chimpancés y los gorilas. En los últimos años, también se han encontrado en los elefantes y algunas ballenas y delfines.

Al igual que nosotros, muchas de estas especies viven en grandes grupos sociales, y muestran signos de la misma clase de comportamiento avanzado asociado con las VEN en las personas. Los elefantes, por ejemplo, muestran algo que se parece mucho a la empatía: ellos trabajan juntos y ayudan a otros elefantes heridos, perdidos o atrapados los. Incluso parecen mostrar signos de dolor en los "cementerios" de elefantes (Biology Letters, vol 2, p 26). Es más, muchas de estas especies pueden reconocerse a sí mismos en el espejo, lo cual suele tomarse como una medida rudimentaria de conciencia. Cuando los investigadores embadurnan con pintura la cara de un elefante, éste notará las marca en el espejo y tratará de ubicarse con su cuerpo. Esto condujo a Allman y a otros, a especular que las neuronas von Economo podrían ser una adaptación vital de los cerebros de gran tamaño para conseguir el seguimiento de las situaciones sociales, y que el sentido del sí mismo puede ser una consecuencia de esta capacidad.

Sin embargo, las VEN también aparecen en los manatíes, los hipopótamos y las jirafas, que no se caracterizan por sus vidas sociales. Estas células también se han detectado en macacos, que no pasan la prueba del espejo, aunque son animales sociales. Aunque esto parece echar abajo el trabajo de aquellos que afirman que dichas células son cruciales para el conocimiento avanzado, bien podría ser que estas criaturas están mostrando los precursores de unas células finamente sintonizadas que se encuentran en las especies altamente sociales. "Creo que hay homólogos de las VEN en todos los mamíferos", agregó Allman. "Eso no quiere decir que estén configuradas de la misma manera, sino se hallan en un sitio análogo de la corteza y que están expresando los mismos genes."

No tendría sentido, después de todo, que las ballenas y primates hayan reciclado y refinado esa antigua maquinaria, presente en un antepasado común, en lugar evolucionar de forma independiente el mismo mecanismo. Se necesita mucha más investigación, es obvio, para resolver las diferencias anatómicas y las funciones de estas células en los diferentes animales.

Ese trabajo puede incluso ayudarnos a entender cómo se desarrollaron estas neuronas en primera instancia. Allman ya tiene algunas ideas acerca de dónde provienen. Nuestras VEN residen en una región del cerebro que ha evolucionado para integrar el sabor y el olor, y esto sugiere que, muchos de los rasgos ahora asociados con el FI, evolucionaron desde el simple acto de decidir si la comida es buena para comer o existe la posibilidad de caer enfermo. Cuando se llega a tal decisión, dice, cuanto más rápida sea la reacción del intestino antes lo sabremos. Y si podemos detectar este proceso en los demás, tanto mejor.

"Una de las funciones importantes que parece residir en el FI, tiene que ver con la empatía", continuó. "Mi opinión sobre esto es que, la empatía surgió en un contexto donde la comida era compartida (es muy importante observar si los miembros del grupo social están cayendo enfermos como resultado de comer algo)". Los circuitos de la alimentación básica, incluyen a las rudimentarias VEN, luego, pudo existir la elección de alguna especie de forzar otras situaciones que implicaran una decisión, como determinar si una persona es confiable o que debe ser evitado. "Así que, cuando tenemos un sentimiento, ya sea acerca de un producto alimenticio o sobre una situación o acerca de otra persona, creo que se activa el circuito de la corteza fronto-insular, y las VEN prometen una de las salidas de ese circuito."

El trabajo genético de Allman, sugiere que puede ser el camino. Su equipo descubrió las VEN en una parte de la FI que están expresando los genes de las hormonas que regulan el apetito. También hay muchos estudios que muestran vínculos entre el olfato y el gusto y los sentimientos emocionales fuertes. Nuestra reacción física a algo que encontramos moralmente repugnante, por ejemplo, es más o menos idéntica a la nuestra reacción ante un sabor amargo, lo que sugiere que pueden compartir el cableado común del cerebro (Science, vol 323, p 1222). Otros trabajos han demostrado que, al juzgar un acto moralmente cuestionable, como un robo, mientras se huele algo desagradable conduce a juicios morales más duros (Personality and Social Psychology Bulletin, vol 34, p 1096). Es más, Allman señala que nuestro lenguaje está repleto de analogías, podemos encontrar una experiencia "deliciosa", p. ej., o a una persona "nauseabunda". Esto no es meramente casual, dice.

Pista falsa

Sin embargo, solamente en los animales muy sociales las VEN viven exclusivamente en las regiones del olor y el sabor. En los otros, como en las jirafas y los hipopótamos, las VEN parecen estar salpicadas por todo el cerebro. Allman, no obstante, señala que estos hallazgos pueden ser una pista falsa, ya que si no comprendemos los genes que expresan, o su función, ni siquiera podremos estar seguros de cuán estrechamente se relacionan estas células con las VEN humanas. Incluso pueden ser un tipo diferente de células de tan sólo apariencia similar.

Basándose en la evidencia hasta el momento, Hof piensa que las VEN ancestrales habrían sido más generalizadas, tal como se ve en el cerebro del hipopótamo, y que en el transcurso de la evolución que emigraran luego a la CAC y la FI en algunos animales, pero no en otros, aunque admite no tener ni idea de por qué pudo ser así. Él sospecha que las presiones que dieron forma al cerebro de los primates debieron haber sido muy distintas a aquellas que condujeron la evolución de las ballenas y los delfines.

Craig ha dado con una de las posibilidades que propugnan un modelo universal para estos animales de cerebros grandes. Y apunta que cuanto más grande sea el cerebro, más energía necesita para funcionar, así que resulta esencial que funcione lo más eficientemente posible. Un sistema que vigila continuamente el medio ambiente, las personas y animales estaría siempre en activo, permitiendo adaptarse rápidamente a una situación de ahorro de energía, tanto como fuese posible. "La evolución ha producido un sistema de cálculo de energía que incorpora, no sólo los estímulos sensoriales del cuerpo, sino las mismas entradas sensoriales del cerebro", subraya Craig. Y el hecho de que estemos constantemente actualizando esta imagen de "cómo me siento ahora" tiene una interesante y muy útil consecuencia: tenemos este concepto de existencia de un "yo" para inducir este sentimiento. "La evolución produjo un muy eficiente cálculo, momento a momento, de utilización de la energía que tenía un epifenómeno, un subproducto que proporciona una representación subjetiva de mis sentimientos."

Si tiene razón, y hay un largo camino por recorrer antes de estar seguros, se plantea una posibilidad muy humillante: que lejos de ser el pináculo de la evolución cerebral, la conciencia pudo haber sido, simplemente un grande y fortuito accidente, por cierto, muy exitoso.


- Imagen de autor desconocido.
- Diagrama, crédito de NewScientist.com. 
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sábado, 28 de julio de 2012


Posted: 28 Jul 2012 01:36 AM PDT
Referencia: Nature.com ,
Autor: S. Liem, 25 de julio 2012

¿Quién necesita la jerga? El mes pasado, un estudiante de doctorado de física en la Universidad de Innsbruck, Austria, ganó un concurso por explicar el concepto de una llama con palabras que podía comprender un niño de 11 años de edad. Ben Ames, el ganador, realizó un video de 7,5 minutos, donde introdujo palabras como "oxidación" y "pirólisis", sólo para parodiarlas.

La premisa de este concurso estuvo dirigida a la aversión que tienen los divulgadores de ciencia por el uso de la jerga. A muchos les parece que la literatura científica es un lenguaje pomposo y estéril, diseñado para evitar nuestra comprensión. Lectura de algunos documentos parece una especie de ejercicio sádico. ¿Traducirlo? Imposible. Así que pueden imaginarse la impopularidad de mi creencia de que la jerga no sólo es esencial para el discurso científico, sino que también tiene su lugar en el debate público.

Ciertamente, hay mucho en la literatura académica que realmente no se puede defender —frases pasivas innecesarias, por ejemplo—; sin embargo, también creo que el rechazo de la jerga también refleja la gran hostilidad hacia el lenguaje difícil que impregna la cultura moderna.

Cuando nos enfrentamos con cualquier jerga, la científica, el habla de los negocios, la jerga legal, la gente tiende a suponer que cada término podría ser sustituido por alguno más coloquial. Al principio, puede parecer innecesario que los economistas usen la palabra francesa 'tramo' en lugar de 'capa', 'trozo' o 'corte'; pero los sinónimos comunes son problemáticos, ya que pueden ser intercambiados y fácilmente confundidos por los demás.

Los términos especializados captan la complejidad y especificidad de los conceptos científicos. Consideremos la astronomía, en la que tanto 'fotometría' como 'espectroscopia' denotan unas técnicas que podrían ser descritas de una forma libre como 'métodos de estudio de la luz'.

Sin embargo, la fotometría es la medición de la intensidad de la luz y la espectroscopia es el estudio de la relación de la luz con su origen. Ambas son técnicas complejas, importantes y altamente específicas. No hay otras palabras atrapen tan bien su sentido, y si perdemos esa jerga, perdemos a su vez su significado.

La literatura científica está llena de distinciones que pueden parecer pedantes. Consideremos por ejemplo, esta frase, la "células ganglionares de la retina intrínsecamente fotosensibles' (ipRGC). El término se refiere a un tipo específico de neuronas ubicadas en el ojo, y aunque la frase no sea divertida de analizar, cada palabra es importante. Un 'ganglio', vagamente definido, es una masa de tejido, que suele hallarse en el ojo, por lo que 'célula' se refiere a una parte específica de ese tejido. No todos los ganglios se encuentran en la retina, por lo tanto, el término 'retina' está justificado. Y no todos los ganglios de la retina son 'intrínsecamente fotosensibles', por lo que también se mantiene. Esto es quizá la verdad más difícil de aceptar para los divulgadores más idealistas. Nos llevaría uno cuantos párrafos la explicación de todas las demás distinciones científicas contenidas en el término 'ipRGC'. Muchos divulgadores de ciencia romperían el término (en un proceso que ellos llaman 'destilación'), para llamarlo finalmente algo así como un 'tipo especial de ganglio' o 'neuronas situadas en el ojo'. Esta redacción es más fácil de entender, pero que no presenta toda la verdad. Yo no estoy diciendo que los divulgadores siempre deban usar la jerga, pero sí quiero subrayar lo que se puede perder cuando no lo hacen.

La verdad tiende a ser complicada, y aquí la jerga ofrece su ventaja más obvia: la compresión. Hay una compresión emocional en muchos escritos, quizás el más visto (tal vez apócrifo) fue el de Ernest Hemingway: "En venta: zapatos de bebé, nunca usados". Los escritores técnicos utilizan la jerga para comprimir la información. La renuencia a utilizarla puede conllevar consecuencias graves. Consideremos de nuevo, los términos 'permuta de incumplimiento crediticio', hay detrás toda una escuela de pensamiento que sugiere que estos términos han sido diseñados únicamente para confundir, aburrir a la gente, y llevarla  hacia la apatía y la inacción. Para mí, sin embargo, me parece una sesgada justificación para no ocuparse lo suficiente, y pone de relieve el rechazo general al esfuerzo por obtener el significado.

La jerga requiere el trabajo de los lectores en general. Aunque también requiere del trabajo de aquellos que la utilizan. Los químicos y los físicos hablan lenguajes completamente diferentes, igual que los cosmólogos y los astrónomos, así como los glaciólogos y los hidrólogos. Estas divisiones lingüísticas no se han creado por el simple deseo de alienarse con un lenguaje noble y muy complicado, sino que son una consecuencia natural de abarcar la inimaginable complejidad del universo natural. Para este fin, la jerga es una necesidad, igual que el trabajo necesario para entenderla.

Otras palabras quizá necesiten de un cierto trabajo para su entendimiento, como en el caso de la jerga. Entender el significado de palabras tales como "portentoso" y "pretencioso" o "voracidad" y "veracidad", o tal vez para hacer la distinción significativa entre "impeler" y "compeler".

Me parece preocupante que la misma antipatía que algunos autores expresan hacia la jerga se haya arraigado en la actitud general del público hacia el lenguaje erudito. Yo sostengo que esto no es una mera coincidencia. Parece que la gente no sólo esté resentida con lenguaje especializado, sino con cualquier lenguaje que requiera un alto grado de esfuerzo para entenderlo, apreciarlo y utilizarlo. Cuando oye algunas quejas por tener que haber ido a consultar un diccionario —y especialmente cuando la consulta no pasa de trasladarse a otro ordenador—, me invade el deseo de agarrar por las solapas a esa gente y agitarla hasta hacer un sonajero con sus dientes. ¿Por qué hay tanta gente que no quieren esforzarse en los placeres y connotaciones que abarcan los idiomas? Cuando los escritores evitan la jerga sin cuestionamientos, los lectores comienzan a pensar que no responde a ningún propósito. El mundo aumenta su complejidad cada día, y no podemos permitirnos reducir nuestra capacidad para describirla.

- Nature 487, 407 (26 julio 2012) doi:10.1038/487407a 

Fuente: Bitnavegantes...Pedro Donaire 

viernes, 27 de julio de 2012



The Curious Wavefunction
Musings on chemistry and the history and philosophy of science
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The Higgs boson and the future of science




Philip Anderson: Anderson first described the so-called Higgs mechanism and also fired the first modern salvo against strong reductionism (Image: Celeblist)
The discovery of the Higgs boson (or the “Higgs-like particle” if you prefer) is without a doubt one of the signal scientific achievements of our time. It illustrates what sheer thought – aided by data of course – can reveal about the workings of the universe and it continues a trend that lists Descartes, Hume, Galileo and Newton among its illustrious forebears. From sliding objects down an incline to smashing atoms at almost the speed of light in a 27 kilometer tunnel, we have come a long way. Dissecting our origins and the universe around us scarcely gets any better than this.
Yet even as the exciting discovery was being announced, I could not help but think about what the Higgs does not do for us. It does not speed up the time needed to discover a new cancer drug. It does not help us understand consciousness. It does not tell us how life began or whether it exists elsewhere in the universe. It does not explain romantic love, how to design the best solar cell, why people have certain political preferences and how exactly to predict the effects of climate change. In fact we can safely predict that the discovery of the Higgs boson, as consciousness-elevating as it is, does not impact the daily work of 99% of all pure and applied scientists in the world.
I do not say all this to downplay the discovery of the particle which is an unparalleled triumph of human thought, hard work and experimental ingenuity. I also do not say this to make the obvious point that a discovery in one field of science does not automatically solve problems in other fields. Rather, I say this to probe the deeper reality beyond that point, to highlight the multifaceted nature of science and the sheer diversity of problems and phenomena that it presents to us at every level of inquiry. And I say this with a suspicion that the Higgs boson may be the most fitting tribute to the limitations of what has been the most potent philosophical instrument of scientific discovery – reductionism.
In one sense the discovery of this fundamental component of matter can be seen as the culmination of reductionist thinking, accounting as it does for the very existence of mass. Reductionism is the great legacy of the twentieth century, a philosophy whose seeds were sown when Greek philosophers started mulling the nature of matter. The method is in fact quite intuitive; ever since they stepped down from the trees, human beings have tried to solve problems by breaking them down into simpler parts. In the twentieth century the fruits of reductionism have been nothing short of awe-inspiring. Reductionism is what told us that molecules are made of atoms, that the universe is expanding, that DNA is a double helix and that you can build lasers and computers. The reductionist ethic has given us quantum mechanics, relativity, quantum chemistry and molecular biology. Over the centuries it has been used by its countless practitioners as a fine scalpel which has laid bare the secrets of nature. In fact many of the questions answered using the reductionist method were construed as being amenable to this method even before their answers were provided; for instance, how do atoms combine to form molecules? What is the basic nature of the gene? What are atoms themselves made up of?
Yet as we enter the second decade of the twenty-first century, it is clear that reductionism as a principal weapon in our arsenal of discovery tools is no longer sufficient. Consider some of the most important questions facing modern science, almost all of which deal with complex, multifactorial systems. How did life on earth begin? How does biological matter evolve consciousness? What are dark matter and dark energy? How do societies cooperate to solve their most pressing problems? What are the properties of the global climate system? It is interesting to note at least one common feature among many of these problems; they result from the buildup rather than the breakdown of their operational entities. Their signature is collective emergence, the creation of attributes which are greater than the sum of their constituent parts. Whatever consciousness is for instance, it is definitely a result of neurons acting together in ways that are not obvious from their individual structures. Similarly, the origin of life can be traced back to molecular entities undergoing self-assembly and then replication and metabolism, a process that supersedes the chemical behavior of the isolated components. The puzzle of dark matter and dark energy also have as their salient feature the behavior of matter at large length and time scales. Studying cooperation in societies essentially involves studying group dynamics and evolutionary conflict. The key processes that operate in the existence of all these problems seem to almost intuitively involve the opposite of reduction; they all result from the agglomeration of molecules, matter, cells, bodies and human beings across a hierarchy of unique levels. In addition, and this is key, they involve the manifestation of unique principles emerging at every level that cannot be merely reduced to those at the underlying level.
The traditional picture of science asserts that X can be reduced to Y. Reality is more complicated (Image: P. W. Anderson, Science, 1972)
A classic example of emergence: The exact shape of a termite mound is not reducible to the actions of individual termites (Image: Wikipedia Commons)
This kind of emergence has long since been seen as key to the continued unraveling of scientific mysteries. While emergence had been implicitly appreciated by scientists for a long time, its modern salvo was undoubtedly a 1972 paper in Science by the Nobel Prize winning physicist Philip Anderson titled “More is Different”, a title that has turned into a kind of clarion call for emergence enthusiasts. In his paper Anderson (who incidentally first came up with the so-called Higgs mechanism) argued that emergence was nothing exotic; for instance, a lump of salt has properties very different from those of its highly reactive components sodium and chlorine. A lump of gold evidences properties like color that don’t exist at the level of individual atoms. Anderson also appealed to the process of broken symmetry, invoked in all kinds of fundamental events – including the existence of the Higgs boson – as being instrumental for emergence. Since then, emergent phenomena have been invoked in hundreds of diverse cases, ranging from the construction of termite hills to the flight of birds. The development of chaos theory beginning in the 60s further illustrated how very simple systems could give rise to very complicated and counterintuitive patterns and behavior that are not obvious from the identities of the individual components.
Many scientists and philosophers have contributed to considered critiques of reductionism and an appreciation of emergence since Anderson wrote his paper. These thinkers make the point that not only does reductionism fail in practice (because of the sheer complexity of the systems it purports to explain), but it also fails in principle on a deeper level. In his book “The Fabric of Reality” for instance, the Oxford physicist David Deutsch has made the compelling point that reductionism can never explain purpose; to drive home this point he asks us if it can account for the existence of a particular atom of copper on the tip of the nose of a statue of Winston Churchill in London. Deutsch’s answer is a clear no, since the fate of that atom was based on contingent, emergent phenomena, including war, leadership and adulation. Nothing about the structure of copper atoms allows us to directly predict that a particular atom will someday end up on the tip of that nose. Chance plays an outsized role in these developments and reductionism offers us little solace to understand such historical accidents.
Complexity theorist Stuart Kauffman who has written about the role of contingency as a powerful argument against strong reductionism (Image: Wikipedia Commons)
An even more forceful proponent of this contingency-based critique of reductionism is the complexity theorist Stuart Kauffman (supposedly an inspiration for the Jeff Goldblum character in “Jurassic Park”) who has laid out his thoughts intwo books. Just like Anderson, Kauffman does not deny the great value of reductionism in illuminating our world, but he also points out the factors that greatly limit its application. One of his favorite examples is the role of contingency in evolution and the object of his attention is the mammalian heart. Kauffman makes the case that no amount of reductionist analysis could explain tell you that the main function of the heart is to pump blood. Even in the unlikely case that you could predict the structure of hearts and the bodies that house them starting from the Higgs boson, such a deductive process could never tell you that of all the possible functions of the heart, the most important one is to pump blood. This is because the blood-pumping action of the heart is as much a result of historical contingency and the countless chance events that led to the evolution of the biosphere as it is of its bottom-up construction from atoms, molecules, cells and tissues. As another example, consider the alpha amino acids which make up all proteins on earth. These amino acids come in two potential varieties, left-handed and right-handed. With very few exceptions, all the functional amino acids that we know of are left handed, but there’s no reason to think that right handed amino acids wouldn’t have served life equally well. The question then is, why left-handed amino acids? Again, reductionism is silent on this question mainly because the original use of left-handed amino acids during the origin of life was to the best of our knowledge a matter of contingency. Now some form of reductionism may still explain the subsequent propagation of left-handed amino acids and their dominance in biological processes by resorting to molecular level arguments regarding chemical bonding and energetics, but this description will still leave the origins issue unresolved. Even something as fundamental as the structure and function of DNA – which by all accounts was a triumph of reductionism – is much better explained by principles of chemistry like electrostatic attraction and hydrogen bonding.
Life as we know it is based on left-handed amino acids. But there is no reason why right-handed amino acids could not sustain life (Image: Islamickorner)
Reductionism then falls woefully short when trying to explain two things;origins and purpose. And one can see that if it has problems even when dealing with left-handed amino acids and human hearts, it would be in much more dire straits when attempting to account for say kin selection or geopolitical conflict. The fact is that each of these phenomena are better explained by fundamental principles operating at their own levels. Chemistry has its covalent bonds and steric effects, geology has its weathering and tectonic shifts, neurology has its memory potentiation and plasticity and sociology has its conflict theory. And as far as we can tell, these sciences will continue to progress without needing the help of Higgs bosons and neutrinos. This also seems to make it unlikely that the discovery of a single elegant equation linking the four fundamental forces (the purported “theory of everything”), while undoubtedly representing one of the greatest intellectual achievements of humanity, will give sociologists and economists little pause for thought, even as they continue to study the stock market and democracies using their own special toolkit of bedrock principles.
This rather gloomy view of reductionism may sound like science is at a dead end or at the very least has started collapsing under the weight of its own success. But such a view would be as misplaced as announcements about the “end of science” which have surfaced every couple of years for the last two hundred years. Every time the end of science has been announced, science itself proved that claims of its demise were vastly exaggerated. Firstly, reductionism will always be alive and kicking since the general approach of studying anything by breaking it down into its constituents will continue to be enormously fruitful. But more importantly, it’s not so much the end of reductionism as the beginning of a more general paradigm that combines reductionism with new ways of thinking. The limitations of reductionism should be seen as a cause not for despair but for celebration since it means that we are now entering new, uncharted territory. There are still an untold number of deep mysteries that science has to solve, ranging from dark energy, consciousness and the origin of life to more supposedly pedestrian concerns like superconductivity, cancer drug discovery and the behavior of glasses. Many of these questions require interdisciplinary approaches which result in the crafting of fundamental principles that are unique to the problem statement. Such a meld will inherently involve reductionism only as one component.
Now there are some who may not consider these problems as “fundamental” enough but that is because they would be peering through the lens of traditional twentieth century science. One of the sad casualties of the reductionist undertaking is a small group of people who think that cosmology and particle physics constitute the only things truly worth doing and the epitome of fundamental science; the rest is all detail that can be filled in by second-rate minds. This is in spite of the inconvenient fact that perhaps 80% of physicists are not concerned at all with fundamental questions. But you would be deluding yourself if you are thinking that turbulence in fluids is a second-rate problem (still unsolved) for second-rate minds, especially if you remember that Heisenberg thought that God would will be able to provide an explanation for quantum mechanics but not for turbulence. The fact is that “pedestrian” concerns like superconductivity have engaged some of the best minds of the last fifty years without fully succumbing to them, and at their own levels they are as hard as the discovery of the Higgs boson or the accelerating universe. Exploring these worthy conundrums is every bit as exciting, deep and satisfying as any other endeavor in science. Those who are wondering what’s next should not worry; a sparkling journey lies ahead.
To guide us on this journey all we have to remember are the words of one of the twentieth century’s great reductionists and one of Peter Higgs’s heroes. Paul Dirac closed his famous text on quantum theory with stirrings that will hopefully be as great a portent for the emergent twenty-first century as they were for the reductionist twentieth: “Some new principles are here needed”.
References:
1. P. W. Anderson, More is Different, Science, 1972177, 393
2. David Deutsch, “The Fabric of Reality”, 2004
3. Stuart Kauffman, “Reinventing the Sacred”, 2009; “At Home in the Universe”,1996
Other reading:
1. Terrence Deacon, “Incomplete Nature”, 2011
2. John Horgan, “The End of Science”, 1997
3. Robert Laughlin, “A Different Universe”, 2006
Ashutosh JogalekarAbout the Author: Ashutosh (Ash) Jogalekar is a chemist interested in the nature of the "central science" and its intersection with philosophy, history and culture. He is also more generally interested in the history and philosophy of science and is particularly fascinated by how science tries to mirror reality by building models. Follow on Twitter @curiouswavefn.
The views expressed are those of the author and are not necessarily those of Scientific American.
Source : Scientific American Blog